Le 4 décembre 1860, un profane est refusé parce que ses croyances en Dieu et en l'immortalité de l'âme sont douteuses. On lui avait posé la question : croyez vous en l'existence de Dieu? I! avait répondu : « j'ai dit que je doutais, je ne puis donc répondre catégoriquement; je suis catholique, j'ai cru tout ce que cette religion enseigne. Sans que je l'aie cherché, le doute est arrivé. J'éprouve le besoin de croire en Dieu et en l'immortalité de l'âme, je cherche à croire et à appuyer cette croyance sur la raison puisque je n'ai plus la foi».
Le 20 septembre 1864, la Loge nomme une Commission à l'effet de savoir s'il fallait maintenir, dans la Constitution, le dogme de la croyance en Dieu et en l'immortalité de l'âme. L'Atelier ayant fermé ses travaux se transporte dans le local où se tenaient les Commissaires pour protester contre cette proposition. Puis, après une discussion qui dura plusieurs séances, le F Lanusse lisait une protestation adressée au GM Magnan contre la modification apportée à l'article premier de la Constitution, qui 'avait paru dans un journal politique.
Le 23 avril, il est fait mention de l'assassinat du F Abraham Lincoln, auteur de la suppression de l'esclavage aux États Unis. Mais une discussion s'élève : n'est-ce pas faire acte de politique? Malgré l'opposition du VM la Loge décide de demander au GO l'autorisation de faire une tenue funèbre en l'honneur de ce F.
Le 11 juillet, il est donné lecture d'un article du journal « Le Nouvel Initié », dont tes conclusions semblent vouloir permettre l'admission des athées. Une fois de plus, la Loge affirme qu'elle ne recevra pas celui qui nierait l'existence de l'Etre Suprême. Entre temps, la Maçonnerie a été frappée d'excommunication par le pouvoir pontifical et te F Hermite explique, le 24 octobre, pourquoi le GO s'est abstenu de toute manifestation à l'occasion de l'excommunication prononcée. Mais ces explications ne donnent point satisfaction à l'Anglaise, qui envoie au GO un extrait du procès verbal, par lequel elle déclare protester contre l'excommunication prononcée contre tous les Francs Maçons. Elle envoie en même temps un extrait du discours prononcé par le VM sur la tombe du F Steward, décédé, et par lequel elle entend montrer l'élévation de ses conceptions philosophiques. Le 22 décembre 1864, le F Hermite lit un travail sur les maux qu'enfante la guerre et sur les dangers menaçants des armements exagérés auxquels on assiste. Il voudrait que les intérêts des peuples fussent réglés par des Congrès, qu'il y eût des alliances et que la force fit place au droit, pour comprimer les desseins de conquêtes et d'envahissements.
Ce travail avait été imprimé et répandu et son succès était tel que le Ministre de l'Intérieur s'en émut. C'est un peu plus tard, en 1865, que se place une grande discussion entre la Loge « La Française élue Écossaise » et les autres Loges de Bordeaux. Celle ci annonçait, le 4 juin, qu'elle allait procéder à l'initiation du profane Delboy, qui avait été refusé une première fois, en cours de réception, à cause de ses opinions sur l'existence de Dieu et l'immortalité de l'âme. L'Anglaise avait adressé à cette Loge une lettre de protestation émue. Le VM Lavertujon, qui présidait La Française, semble vouloir passer outre. Le candidat a été introduit dans le Temple, il n'a pas voulu répondre aux questions sur sa croyance en Dieu. Le Ballot ayant circulé, il est refusé et reconduit hors de l'enceinte maçonnique.
Mais « La Française» ne se tient pas pour battue. A plusieurs reprises, le profane Delboy est ballotté et refusé, mais finalement la Loge l'initie malgré toutes les protestations, et informe tous les Ateliers qu'à l'avenir elle ne leur fera plus part des réceptions qu'elle se proposera de faire. L'Anglaise saisit le GOde l'incident et, pendant que celui ci étudie le cas, un incident nouveau se produit dans ses parvis. Une délégation de « La Française élue Écossaise » s'est présentée, et, parmi les FF qui la composaient, se trouvait le FDelboy ;
